随着我国水产养殖业的发展，更多新型消毒剂不断应用于水产养殖中，到目前为止，消毒剂经历了以漂白粉为代表的次氯酸盐类、二氯异氰尿酸及其盐类、三氯异氰尿酸及其盐类，以后为二氯海因、溴氯海因、二溴海因、碘溴海因等卤代海因类，最后为二氧化氯类消毒剂。
一、次氯酸盐类杀菌消毒剂
包括漂白粉、漂粉精、次氯酸钠等，代表为漂白粉。漂白粉是CaCl2、Ca（OH）2、Ca（ClO），组成的混合物，Ca（ClO）2是有效成分，遇水产生具有杀菌能力的HClO和CLO-离子，HClO又可以放了活性Cl，和初生态原子氧［O］而发生氯化、氧化作用。对细菌、病毒、真菌均有不同程序的杀灭作用。缺点是：消毒杀菌剂中有效氯含量少（25%左右），在存放时易吸收空气中的水和CO2，分解而失效。
反应式为Ca（ClO）2＋H2O＋CO2=CaCO2＋2HClO
2HClO=2HCl＋O2
使用时注意事项：不宜使用金属容器盛装，不可与生石灰、福尔马林等混用。
二、二氯异氰尿酸及其盐类
以二氯异氰尿酸钠（又名：优氯净）为代表，
分子式为C3C12N3NaO3。
本品为白色结晶粉末，有氯气味，有效氯60%～64%，性能稳定，长期存放有效氯损失很小，易溶于水，作用原理是遇水分解为异氰尿酸和次氯酸，杀菌成份为HClO。异氰尿酸在微生物作用下缓慢分解为CO2和NH3，优点是有效氯含量比漂白粉高，且久存不变质，性能稳定。
使用时注意事项：勿用金属容器盛装，晴天上午或傍晚施药为宜。
三、三氯异氰尿酸及其盐类
以三氯异氰尿酸（又名强氯精，TCCA）为代表，分子式为C3C13N3O3。
本品为白色结晶固体，有刺鼻气味。有效氯含量不小于85%，稳定性好，可长期贮存，微溶于水，水溶液呈酸性。遇水、稀酸和碱可分解成异氰尿酸和次氯酸，在水中释放游离氯的稳定时间长。
作用机理与二氯异氰尿酸相同，杀菌成份仍为HClO。
特点：有效氯比二氯异氰酸尿酸高，性能稳定，杀菌效果比漂白粉、二氯异氰酸尿酸都好。
四、卤代海因类杀菌消毒剂
缓释型卤源消毒剂，以溴氯海因的消耗量最大。现以溴氯海因为代表介绍。溴氯海因又名溴氯二甲基海因（BCDMH），分子式为C5H6BrClN2O2。
本品为白色粉末，有氯臭味道，有效溴氯含量92%以上，性能稳定，微溶于水，易吸潮。
溴氯二甲基海因在水中水解，以次溴酸和次氯酸的形式存在，并释放溴和氯。释放溴的反应很快，而释放氯的反应很慢。所以此类消毒剂是缓慢释放型消毒剂。
以上四类消毒杀菌剂主要作用成分是HClO、 HBrO等次卤酸，使用其消毒具有以下缺点：
1.与水中的氨反应形成消毒效力低的氯胺，氯胺在水体中对鱼类有危害。
2.在pH值较高时，消毒效力大幅度下降，所以以上四类消毒剂不宜与生石灰同时使用。
3.氯气与水中腐殖酸类物质反应形成致癌的二氯甲烷、三氯甲烷等卤代烃（THMS）。
4.与酚类反应形成具有异味的氯酚。
5.长期使用会引起某些微生物的抗药性。
五、二氧化氯分子式为CLO2。
在常温常压下二氧化氯是一种黄绿色气体或黄红色气体，有刺激性氯臭味，极易溶于水而不与水反应，22℃时在水中溶解度为2.9g/L，空气中C1O2的体积浓度超过10%或在水中浓度超过30%会发生爆炸。
二氧化氯杀灭细菌、病毒的原理：二氧化氯能迅速对病毒衣壳上的蛋白质酪氨酸起破坏作用，从而抑制了病毒的特异性吸附，阻止了对宿主细胞的感染，同时二氧化氯还能快速地控制微生物蛋白质的合成，与微生物蛋白质中的氨基酸发生反应，使其分解，从而导致细胞死亡。但它对动植物机体却不产生毒效，原因在于细菌是原核细胞生物，绝大多数酶系统分布于细胞膜表面，易受攻击。而动物及人是真核细胞生物，酶系统深入细胞里面，不易受攻击。正由于它对动植物无害，二氧化氯被用于水产养殖中，对经水传播的病原微生物均有较好的消毒效果，且对养殖生物生长发育没有影响，并可改善养殖水体的水质，增加水体的溶氧量。
二氧化氯是一种强氧化剂，其氧化能力居于 H2O2、NaClO2、KMnO2、NaClO、Na2O2等强氧化剂之首。
二氧化氯是一种高效低毒消毒剂，对大多数细菌、病毒、”芽孢、真菌等都有良好的杀灭作用，其杀菌能力不受水体pH值、氨氮以及有机物浓度的影响，而且用量少，作用快，持续药效时间长。二氧化氯不与水中的腐植酸反应，因此不会产生致癌的二氯甲烷、三氯甲烷等卤代烃（THMS），因此现在美国大多数自来水厂都用二氧化氯代替氯气，用于自来水的消毒。
二氧化氯可将硫化物（如H2S等）迅速氧化成硫酸根离子，去除有机硫产生的臭味，将CN-、NO2-、NH3氧化降解成无毒的CO2、N2等物质，改善水产养殖水体的水质。
正由于C10，的一系列优点而被世界卫生组织（WHO）和世界粮农组织（FAO）向全世界推荐为AI级高效安全消毒剂。所以二氧化氯值得广泛推广应用于我国的水产养殖业。